1931 yılında Cumhuriyet öncesi dönemde medrese olarak kullanılan yapı üzerine kurulan Malatya Lisesi, 1933 yılına kadar ortaokul olarak Eğitim-öğretime devam etmiştir. 1933–1934 eğitim öğretim yılında bünyesinde lise açılmıştır. Bu bina 23.04.1947 tarihinde tamamen yanmıştır. Lise binası bugünkü Atatürk Ortaokulu (Milli Eğitim Müdürlüğü) yerinde kâgirden yapılmış bir binadır. Yanan Lİse binasının Ortaokul giriş kapısının özel olarak yapıldığı söylenmekle birlikte bu kapıda tamamen yanmıştır.

Malatya Lisesinin başarılı öğrencisi olan Dt. Sami Fenercioğlu, yangın günü izlenimlerini şöyle anlatmaktadır:

"Kayıtlardan 24 Nisan 1944 tarihinde olduğunu öğreniyorum. O tarihlerde Malatya'da tek lise vardı, orta okul ve lise birlikteydi.
Yangın gece çıkmıştı, evimize çok yakın olduğu için yangının dehşetli görünümünü unutamıyorum. Gök yüzü alevlerden kızıla boyanmıştı. Zaman zaman Kimya laboratuvarındaki kimyasalların yanması ile alevler mavi yeşil arası renk değiştiriyor, yangının etkisiyle ağaç aksamı tutturan çiviler akkor halde ses çıkararak alevlerin arasında değişik yönlerde uçuşuyordu. Yangı saatler sürdü, ertesi gün yangın yerine gittiğimizde Lise binası artık yoktu, yangından arta kalan söndürülmüş simsiyah ağaç artıklarının arasından su buharı ile karışık dumanlar çıkıyordu. Etrafta genizleri yakan zifir kokusu yayılıyordu,Lisenin muhteşem demir kapısı sıcaklıktan eriyip eğilip bükülmüştü. Manzara hüzün vericiydi.

O yıl öğreniciler Bitişikteki Gazi ilkokulun da eğitim aldılar, zannederim 1945 yılında yeni  bina yapıldı eğitime açıldı. Lisenin çok değerli öğretmenleri vardı,Matematik öğretmeni Rıfat bey. Ben orta okula başladığım sene emekli oldu. Veda konuşması çok etkileyici olmuştu. Öğretmen ve öğrenciler göz yaşlarını tutamadılar. Soruyu anlamayan öğrencilerine "Ahmedin Öküzü gibi ne bakıyorsun?" diyerek sataşırmış. Giderken dedikleri için özür dilemiş, gönül almıştı. Kilisli namıyla maruf Rıfat bey için öğrenicileri "Kilisliden El aman bana bir sıfır verdi, Gözlüğünden Kocaman" diyerek kendi aralarında eğlenirlerdi.

Tabiat bilgisi Ahmet Kaya, Tarih öğretmeni Şeker Osman, Coğrafyacı Zehra Hanım, Spor hocası Celal bey, Resim öğretmeni Hayri bey, Matematik öğretmeni Sadettin bey, Namı diğer Milton. Müzik öğretmeni Kadri bey, Hepside değerli kişilikli hocalardı, acı tatlı hatıralarımız vardır.

Milton,Türkçeye çok dikkat ederdi, çözümleriniz doğru olsa bile birimleri metre adet gibi sonuca ilave etmez iseniz zayıf not alırdınız. Sabit kaleminin ucunu dilini kıvırarak ıslatır, müstehzi ifade ile notunu verirdi. O nedenle dili ve dudakları boyanırdı. Bir gün Niyazi Kutan'a sordu ve doğru bir sonuç alınca "92 Oğlum Numaran Kaç" deyiverdi, hepimiz güldük, farkına vardı ve ismini sordu düzeltti.
Bu değerli ekip çok başarılı öğreniciler yetiştirdi. 1951-52 yıllarında Fen şubesinde 22 kişiydik. Hepimizde istediğimiz yerlere girebildik. O tarihlerde en başarılı lise İzmir Atatürk Lisesiydi, Malatya lisesi ondan sonra geliyordu.

MALATYA LİSESİ BİNASINI YIKMAK DOĞRU DEĞİLDİR

Yanan Malatya Lisesi Binası tecsilli olmasına rağmen günümüzde yıkılması gündemdedir. Bina eski olduğunu gerekçe gösteren Malatya Milli Eğitim Müdürlüğü tarihi binayı korumak yerine burayı yıktırarak yeni bir binaya taşınmak istenmesinianlamak çok zor. Yanan bir binanın küllerinden doğarak binlerce mezun veren Malatya Lisesi binasını yıkmak akıl işi değildir. Hele bu binanın yıkılmasına Milli Eğitim Müdürlüğü öncülük ediyorsa, Eğitime verecekleri hizmetin olmadığını göstermektedir. Malatya bu tarihi binaya sahip çıkarak korumalıdır. Tarih yıkanları ise asla affetmez.

Malatya Lisesinin Öğretmen ve öğrencileri bir arada... Yanan Ortaokul Kapısı. (Sami Fenercioğlı)

Yanan Lise Binasının görünüşü...